根據人大代表和政協委員對“十三五”規劃綱要草案提出的意見，發改委對草案進行了修改完善，涉及57處，并向十二屆全國人大四次會議主席團報告，其中“設立戰略性新興產業板”等內容被刪除。
這57處修改包括對部分數據、文字及標點的明確，對一些內容的增加或刪除。
此前，“十三五“規劃綱要草案第十六章“加快金融體制改革”中曾明確，創造條件實施股票發行注冊制，發展多層次股權融資市場，設立戰略性新興產業板，深化創業板、新三板改革。但是此次修改中，根據證監會意見，刪除了“設立戰略性新興產業板”的表述。
第八章“構建激勵創新的體制機制”中曾明確，構建普惠性創新支持政策體系，要強化金融支持，大力發展風險投資，建立保險費補償機制。根據人大代表的意見，“建立保險費補償機制”的表述也被刪除。
此外，一些新的內容、表述被加進了“十三五“規劃綱要草案。例如，在“提高稅收征管效能”后，增加了“推行電子發票”的表述。在“推動全民閱讀”后，增加了“公民具備科學素質的比例超過10%”等內容。
根據各方意見，發改委對一些內容進行了修改明確。例如，對第六十章“推進健康中國建設”中“降低煙草危害”的表述，修改為“大力推進公共場所禁煙”。
發改委還對部分數據進行了修改。例如，將專欄1內的“城鎮參加基本養老保險人數”指標的2015年實現情況，由“3.8億人”修改為“3.77億人”。為了與《政府工作報告》相銜接，將專欄2中“城鎮新增就業人數”的2020年目標，由“5000萬人”修改為“>5000萬人”。
3月16日上午，十二屆全國人大四次會議將舉行閉幕會，對包括“十三五”規劃綱要草案在內的八個決議草案進行表決。
關于“十三五”規劃綱要草案修改情況的說明。
1、根據人大代表意見，經與人社部溝通，將專欄1內的“城鎮參加基本養老保險人數”指標的2015年實現情況，由“3.8億人”修改為“3.77億人”。
2、根據人大代表意見，經與公安部溝通，在專欄2中補充“戶籍人口城鎮化率”指標的2015年基數“39.9%”，相應增加了5年累計數“5.1”。
3、根據科技部意見，將專欄2中“科技進步貢獻率”指標的2015年基數，由“55%”修改為“55.3%”，相應將5年累計數修改為“4.7”。
4、根據人大代表意見，與《政府工作報告》相銜接，將專欄2中“城鎮新增就業人數”的2020年目標，由“5000萬人”修改為“>5000萬人”。
5、根據人大代表意見，刪除第17頁的“建立保險費補償機制”。
6、將第23頁的“推進產權保護法治化，依法保護各種所有制經濟權益”，移至第22頁“健全歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢的現代產權制度”后。
7、根據《政府工作報告》的表述，將第25頁的“‘互聯網+’政府服務”，修改為“‘互聯網+政務服務’”。
8、在第26頁“提高稅收征管效能”后，增加“推行電子發票”。
9、根據證監會意見，刪除第27頁的“設立戰略性新興產業板”。
10、在第32頁的“提高畜禽、水產標準化規模化養殖水平”后，增加“促進奶業優質安全發展”。
11、在第33頁的“高效節水灌溉行動”后，增加“推廣旱作農業”。
12、根據政協委員意見，在第39頁的“實施制造業重大技術改造升級工程”后，增加“完善政策體系”。
13、刪除專欄7中“開發應用醫用直線加速器等治療設備”的“直線”。
14、在第44頁的“大力發展第三方物流”前，增加“加強物流基礎設施建設”。
15、根據網信辦意見，將第45頁的“建設網上絲綢之路。加快建設中國——東盟信息港、中國——阿拉伯國家信息港”，修改為“建設中國——阿拉伯國家等網上絲綢之路，加快建設中國——東盟信息港”。
16、將第45頁的“打通邊遠山區、牧區及島礁等‘信息孤島’”，修改為“加快邊遠山區、牧區及島礁等網絡覆蓋”。
17、將第46頁的“高端軟件工程”，修改為“高端工業和大型管理軟件”。
18、將第49頁專欄9中“推動制造、銀行……等重點行業云應用服務”，修改為“推動制造、金融……等重點行業云應用服務”。
19、根據政協委員意見，在第52頁的“加快發展多式聯運”后，增加“提高交通運輸服務質量和效益”。
20、將第53頁專欄10中“提升哈爾濱、深圳、昆明、成都、重慶、西安、烏魯木齊等機場國際樞紐功能”，修改為“加快建設哈爾濱、深圳、昆明、成都、重慶、西安、烏魯木齊等國際航空樞紐”。
21、將專欄10中“研究建設以貨運功能為主的機場”，修改為“建設鄭州等以貨運功能為主的機場”。
22、將第57頁的“大力推進煤炭清潔高效利用”前，增加“優化建設國家綜合能源基地”。
23、在第58頁專欄11中“核電運行裝機容量達到5800萬千瓦，在建達到3000萬千瓦以上”后，增加“加強核燃料保障體系建設”。
24、將專欄11中“重點新建西南、西北、東北等電力外送通道”，修改為“重點新建西南、西北、華北、東北等電力外送通道”。
25、將第62頁中的“晉中”修改為“山西中部”。
26、刪除第68頁的“加快農村電網、寬帶、公路、危房、飲水、照明、環衛、消防等設施改造”中的“電網”，并將第106頁的“開展新一輪農網改造升級，農網供電可靠率達到99.8%”移至該句之后。同時，在第106頁的“寬帶網絡覆蓋90%以上的貧困村”前，增加“加大貧困地區農網改造力度”。
27、在第68頁的“深入開展‘星級文明戶’、‘五好文明家庭’等創建活動”前，增加“加強農村文化建設”。
28、在第71頁的“支持發展內陸開放型經濟”前，增加“加快鄭州航空港經濟綜合試驗區建設”。
29、在第72頁的“支持珠三角地區建設開放創新轉型升級新高地”前，增加“推進環渤海地區合作協調發展”。
30、專欄17中“淘汰乙炔法生產聚氯乙烯工藝”，修改為“淘汰高汞催化劑乙炔法生產聚氯乙烯工藝”。
31、將專欄17中“開展京津冀等區域地下水修復試點”，修改為“開展京津冀晉等區域地下水修復試點”。
32、在第90頁的“推進沿黃生態經濟帶建設”后，增加“支持甘肅生態安全屏障綜合示范區建設”。
33、在第90頁的“嚴防外來物種入侵和遺傳資源喪失”，修改為“嚴防并治理外來物種入侵和遺傳資源喪失”。
34、刪除專欄18中“實施北方防沙帶、西北黃土高原區、東北黑土區、西南巖溶區等重點區域水土流失綜合防治”中的“西北”。
35、將第95頁的“支持中新(重慶)戰略性互聯互通示范項目”后的“，”，修改為“。”
36、將第99頁中的“支持中歐等國際集裝箱運輸班列發展”，修改為“支持中歐等國際集裝箱運輸和郵政班列發展”。
37、在第99頁“構建國際物流大通道”前，增加“推進公鐵水及航空多式聯運”。
38、在第100頁的“鼓勵豐富多樣的民間文化交流”后，增加“發揮媽祖文化等民間文化的積極作用”。
39、在第110頁“科學穩妥推行雙語教育”后，增加“加大雙語教師培訓力度”。
40、在第110頁的“鼓勵具備條件的普通本科高校向應用型轉變”，修改為“推動具備條件的普通本科高校向應用型轉變”。
41、在第112頁的“深化醫藥衛生體制改革”后，增加“堅持預防為主的方針”。
42、在第112頁的“提高醫療服務質量”后，增加“保障醫療安全”。
43、將第113頁的“改革醫保支付方式”，修改為“改革醫保管理和支付方式”。
44、將第113頁的“提升基層公共衛生服務水平”，修改為“提升基層公共衛生服務能力”。
45、將第113頁的“降低煙草危害”，修改為“大力推進公共場所禁煙”。
46、將第114頁的“全科醫生培養使用計劃”，修改為“全科醫生、兒科醫生培養使用計劃”。
47、將專欄21中“重病、疑難雜癥醫治能力”，修改為“重病、疑難雜癥防治能力”。
48、根據政協委員意見，在第124頁的“完善農村計劃生育家庭獎勵扶助和特別扶助制度”后，增加“加強對失獨家庭的關愛和幫助”。
49、在第125頁的“加強婦女扶貧減貧、勞動保護、衛生保健”后，增加“生育關懷”。
50、根據共青團中央意見，在第126頁的“營造良好成長成才環境”前，增加“制定實施青年發展規劃”。
51、根據人大代表和中國科協意見，在第129頁的“推動全民閱讀”后，增加“公民具備科學素質的比例超過10%”。
52、將第135頁的“發揮人大、政協、人民團體、社會組織等訴求表達功能”，修改為“發揮人大代表、政協委員、人民團體、社會組織等訴求表達功能”。
53、將第135頁的“建立涉法涉訴信訪依法終結制度”，修改為“完善涉法涉訴信訪依法終結制度”。
54、將第136頁的“強化企業信用監管”，修改為“強化企業信用依法公示和監管”。
55、將第137頁的“支持隱患排查治理和預防控制體系……等建設”，修改為“加強隱患排查治理和預防控制體系……等建設”。
56、將第143頁的“加強法律人才和法律服務隊伍建設”，修改為“加強律師等法律人才和法律服務隊伍建設”。
57、將第145頁的“加強國防邊防基礎設施建設”，修改為“加強國防邊防海防基礎設施建設”。
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