受多種因素影響，我國現行煤炭行業管理體制與機制依然存在諸多矛盾與問題。這些矛盾與問題的存在，是造成我國煤炭行業目前面臨的各種突出問題的深層次原因，并嚴重制約著煤炭行業的可持續發展。當前煤炭行業所出現的各種問題，有著深刻的體制與機制烙印。
對煤炭在我國能源格局中的主體地位認識不足
由于長期以來對我國能源戰略基本定位與煤炭產業在我國能源格局中的基礎地位缺乏清醒的認識，引起煤炭行業管理機構與其它能源行業管理機構分分合合，煤炭行業管理機構行政級別升升降降，產業政策時而鼓勵，時而限制。體制與機構的頻繁變動，使煤炭行業總體發展戰略與管理機制缺乏必要的長期性與穩定性，產業規模隨著社會經濟發展的現實需求變化被動調整，許多影響行業健康發展的重大問題得不到有效解決。
同時，由于缺乏統一規劃，行業間改革與發展嚴重不平衡。1998年撤銷煤炭部后，煤炭行業就開始大面積實施市場化改革，2001年國家煤炭局撤銷后，煤炭行業全面按照市場規律來運行，而與煤炭緊密相關的電力、鐵路行業市場化改革明顯滯后，由此，煤炭行業在煤電、煤運博弈中處于比較劣勢，煤炭價格形成機制長期存在缺陷，損害了煤炭行業的利益，制約了煤炭行業的健康發展。
多頭管理造成煤炭行業管理職能明顯弱化
目前，我國煤炭行業管理是一種低級別的分散管理模式。由于缺乏相對統一與明確的能源與煤炭行業發展主導方向為指導，部門間缺乏有效的協調機制。統籌協調機制不健全及部門本位主義的存在使不同部門出臺的各項管理舉措不能協調統一，甚至相互矛盾與抵消。如國土資源部門管理資源的探礦權和采礦權設置與煤炭行業行政主管部門制定的煤炭開發規劃不銜接，運煤通道建設與煤炭運輸需求不匹配，煤炭資源開發與環境生態保護不適應，煤礦安全監察機構負責實施國家監察的職責與煤炭行業管理部門負責行業安全監督管理的職責難以劃清等等。
煤炭行業多頭管理還造成煤炭行業管理職能明顯弱化，產生了許多不良后果。如煤炭產業總體戰略規劃制定和政策法規體系建設，煤炭資源的統籌開發和有序利用，生態環境恢復治理以及減輕煤炭企業社會負擔，煤炭與其它能源之間的協調供應等一系列涉及煤炭行業可持續發展的重大問題，因行業管理職能弱化而遲遲得不到解決與落實。此外，管理部門無法對煤礦關鍵性技術和重大裝備的研發統籌兼顧和宏觀指導，制定出煤炭產業相關的技術發展規劃，構建相關的技術創新保障體系，開展必要的國際技術交流與合作。
缺乏統一、權威、高效的煤炭綜合管理部門
我國煤礦量多面廣，大、中、小煤礦并存，不同類型煤礦條件差異較大，管理任務繁重，而在中央層面沒有一個統一、權威性強、高效的煤炭綜合管理部門，煤炭宏觀管理體制不健全。目前，國家發改委能源局煤炭司承擔煤炭行業管理職能，負責近三萬家大中小煤礦，從業人員達500萬人的具有能源主體地位的高危行業的專業管理，層級低，人員少，難以實現對行業的有效管理。2006年7月國務院將五項煤炭行業管理職能劃歸安監總局，雖然是為發揮安監總局在煤炭行業管理方面的內在優勢，同時也是在煤炭生產安全壓力下強化安全管理效能的一種無奈之舉。另一方面，在當前分散管理，多頭決策的情況下，煤炭行業專業管理機構難以有效地進行協調與整合。面對供求矛盾突出、煤炭資源配置無序、過度競爭與區域壟斷并存等一系列問題，總體上顯得管理乏術，協調乏力。
中央與地方縱向管理體制與權利關系有待理順
在煤炭部撤銷后，原所屬的各地煤炭工業局多數相應撤銷，相應職能也劃歸地方各部門，造成上下統一的完整的垂直管理體系解體。全國27個產煤省雖然也設置了煤炭行業管理部門，但情況五花八門。有的為經貿委(經委、國資委)內設機構管理的二級局或處，有的是在省發改委內設機構管理，也有是在工業辦公室的。這些煤炭行業管理部門雖有機構，但除少數省份外，大多數人員編制不足，經費短缺，權力檔次低，難以實施有效的行業管理，管理職能大大弱化，使國家有關資源管理與開發、產業發展、技術進步、安全管理、環境保護、企業重組等多項政策難以全面落實。
此外，一些省區以行政手段推動煤炭產業全面重組，形成區域內的壟斷，導致優勢煤炭企業市場化的跨地區兼并重組進展緩慢。從全國范圍看，這種以行政區劃為單位的煤炭企業重組不僅不能從根本上提升煤炭產業集中度，反而會阻礙優勢企業對煤炭資源的整合，形成不公平競爭與惡性競爭。
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