科技部網站消息，第一代生物燃油技術主要利用谷物或甘蔗中的可發酵糖（Fermentable Sugars）生產生物乙醇（Bioethanol），直接作為交通運輸車輛化石燃油的替代方案，而已被市場廣泛接受。技術工藝與生產加工相對簡單，技術已基本定型成熟，產品的主要成本取決于谷物或甘蔗的世界市場價格，已對傳統的化石燃油構成競爭壓力。
第二代生物燃油技術主要利用現代經濟社會大量存在的木質植物殘留物，包括：能源作物，水果或蔬菜或林業廢棄物，和有機垃圾等。技術一般在第一代生物燃油技術基礎上，增加了從木質纖維素生物質中萃取可發酵糖的酶化預處理生產工藝。技術產品的主要成本，來自需要進行高溫酶化預處理的生產工藝與能源消耗，而原材料的成本（除收集和運輸費用外）基本忽略不計。
目前，第二代生物燃油技術產品尚未對傳統化石能源形成價格競爭力的最主要原因，來自水解或液化木質纖維素生物質可發酵糖預處理生產加工過程中，需要克服的半纖維素（Hemicelluloses）障礙。
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