2. 產業內部分工不清晰，沒有形成分工合作、協同發展的產業鏈條。
總體上看，同一行業內的節能環保企業之間的聯系和合作還是零散的、自發的、非組織化的，專業化分工體系還不很清晰，缺乏高中低端產品分級與配合，同一行業的不同規模企業在同一層面上開展過度競爭，大中小企業之間尚未形成在產業鏈上分工協作的組織形態，龍頭企業不能充分發揮行業引領作用。各個企業、高等院校和科研機構都獨立、分散地對外提供節能環保的科技咨詢、技術研發、產品供應和工程實施等服務，相互之間缺乏配套與協同，缺乏面向節能環保重點領域、重點環節的整體解決方案。
例如，對于既有的公共建筑來說，其節能主要涉及到能耗檢測、節能評估與診斷、節能方案設計、設備選型與施工、前期調試和管理運行調節等環節，在每一個環節上都有相應的研發成果和產品，各個企業、高等院校和科研機構也在各個環節上提供相應的技術、設備和工程服務，但是相互之間的技術和產品缺乏協同和集成，尚未整合成為面向既有公共建筑節能的全面的解決方案，目前來看，單個企業很難具備向用戶提供全面解決方案的基礎和能力。
3. 技術、產品的示范與應用推廣不足，市場認可度不高。
北京市科研成果數量在全國名列前茅，節能環保技術水平也處于國內領先位置，但是科技成果轉化為產品的比例仍較低，本地產業化率不足10%。在節能環保領域，目前有一些新的技術和產品，由于可靠性不高、針對性不強、產品設計階段缺乏多因素的系統配套考慮等原因，導致市場認可度不高，其應用推廣受到很大的制約。
例如，在石化行業傳統潤滑油節能降耗改造中，目前很多節能方案只是針對“糠醛精制——酮苯脫蠟——白土補充精制”整體工藝中的某一工藝環節進行節能改造，而沒有考慮到全工藝路線的整體流程，“只及一點，不及其余”，造成局部節能效果比較明顯，但卻影響了整體工藝的穩定可靠運行，有可能導致潛在損失遠遠超過節能效益，使用戶對采納新技術失去信心。
4. 產學研結合不緊密，既制約了企業技術創新的層次，又阻礙了科技成果向現實生產力轉化。
目前，節能環保企業與高等院校、科研院所開展了多種形式的產學研合作，但組織形式比較松散，行為短期化、形式化，一般以臨時組合爭取政府項目為目的的居多，缺乏產業技術創新的持續性，缺乏創新成果產業化的保障機制，缺乏穩定合作機制和持續有效的內在動力。
產學研合作主要停留在技術轉讓、合作開發和委托開發等較低層次的合作上，而共建研發機構及技術聯盟、共建科技工貿一體化的經濟實體等戰略層面的合作還比較少。調查表明，企業與大學、研究機構進行合作創新的類型主要是常規技術咨詢（37%）和合同委托開發（33%）。大多數產學研合作模式中，一般由企業出資金，高校和科研院所出技術和人力，進行新產品開發和生產中的技術研發。許多大中型企業到大學和科研院所尋求合作，僅對一些短平快的項目有興趣，而很少關心那些事關行業發展的關鍵技術、共性技術。
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