歐盟委員會一份名為《歐盟交通溫室氣體排放：到2050 年路線》的新報告草案指出：生物柴油等傳統(tǒng)生物燃料會增加溫室氣體排放，而且造價昂貴，不適合作為替代燃料。
該研究估計，不考慮間接影響，生物燃料的減排成本將達每噸二氧化碳100-300歐元。而當(dāng)前二氧化碳的市場價格僅為6.14歐元/噸，這意味著使用生物燃料減排的代價相當(dāng)于購買排放權(quán)的49倍。不僅如此，生物燃料還會帶來毀滅森林、草地等間接影響，實際上增加了碳排放。
歐盟委員會生物燃料報告的主要作者，農(nóng)業(yè)科學(xué)家David Laborde 指出，歐盟和其他國家的決策者支持發(fā)展生物燃料并非出于環(huán)境原因，而是由于別的因素，支持生物燃料可以作為向農(nóng)民補貼的依據(jù)，一些工業(yè)組織以能源安全為由宣傳發(fā)展生物燃料。他們希望能源供應(yīng)多元化，而不是從中東購買石油，即使替代供應(yīng)來源效率不高，甚至并不環(huán)保。
2007年，歐盟提出了到2020年生物燃料在交通運輸業(yè)用能中占10%的目標(biāo)，2009年將其替換為可再生能源占10%。但分析人士指出，生物燃料的比重仍將達到8.8%，其中92%是生物柴油等傳統(tǒng)生物燃料。
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